De todos sus hermanos, fue la primogénita del matrimonio formado por Felipe I —el Hermoso— y Juana I de Castilla con la que mejor se entendió
El matrimonio entre Felipe el Hermoso y Juana I de Castilla dio como fruto seis hijos. Todos ellos tuvieron un papel clave en la Europa de su tiempo, pero quienes más relación guardaron entre ellos fueron Carlos y Leonor, los dos mayores. De hecho, para el después emperador se convirtió en un apoyo fundamental.
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